脐腑果（黑肚脐）果实发育初期着色时，在果顶以柱头底部为中心，初期发生呈水浸状暗绿色，以后变成褐色乃至黑褐色病斑，但不腐烂，并向内凹陷。受害果实转色快，但没有商品价值。脐腑病发生的直接原因是果实膨大期间，特别是开花后对果实供给钙素不足所致。土壤过干，地温过高，氮肥过多及酸性土壤均会使根系对钙的吸收受阻，都能引起此病的发生。防治措施，多施有机肥，氮、磷、钾要合理搭配，适当增施钙素肥料，避免土壤过干或过湿，酸性土壤可用石灰调节（每667平方米100至250千克）。除此以外，在幼果期可用0.5％氯化钙水溶液喷施叶片及果实，每10天喷一次，连喷2至3次。
脐裂果（露籽病）果实发育初期，果实果皮无规则形裂开，胎座组织及种子外露。随着果实的膨大，脐裂部位也增大。脐裂果发生原因，主要是花芽分化期间温度过低（8℃以下）形成畸形花的花柱头开裂所造成，但品种间差异很大。防治措施，选择耐低温的品种，花芽分化期间防止温度过低，要求白天温度在20℃以上，夜间温度在10℃以上。
空洞果（空腔果）果皮与果实内部的发育不平衡，果实胚座发育不良与果壁间产生空腔。空间内果胶少，果胶物质不发达，几乎没有种子。发生原因，由于高温使无效花粉增多，无法正常授粉，导致只有果壁发育而胚座发育不良形成无籽西红柿。使用生长激素方法不当，不顾植株长势和坐果情况，用生长激素处理未成熟的花或开花坐果期间土壤过于干旱等，造成果实肥大而水分供应受阻，就会增加空洞果的发生。防治措施，施用生长激素浓度要适量，方法要得当，开花期间防止温度过高或过低，以免授粉受精不正常。及时疏果，加强肥水管理，避免干旱缺水等。
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